Заинское водохранилище выполняет функцию многопрофильного водоема:
- водоем-охладитель Заинской ГРЭС;
- зона рекреации г. Заинек и Заинского района;
- используется для выращивания товарной рыбы
Основным пользователем вдхр. является Заинская ГРЭС.
Санитарно-экологическое состояние Заинского вдхр. не отвечает требованиям по качеству поверхностных вод и соблюдению режима использования его водоохранной зоны и прибрежной защитной полосы. Источником заиления водохранилища является осаждение взвешенных веществ, а так же берегообрушение. Проводимых ГРЭС работ по берегоукреплению явно недостаточно, в результате чего отмечаются интенсивные экзогенные процессы.
В связи с этим, по предписанию Минэкологии и природных ресурсов Республики Татарстан ОАО «Татэнерго» разработаны мероприятия по оздоровлению водохранилища и соблюдению режима использования водоохранной зоны. В 2005 г. проводились работы по реализации проекта по расчистке водоема, выполненные ОАО «Волгаэнергопроект-Самара».
